Vírgula

1. O aluno, todavia, nada respondeu.

Nesse caso, interrompe-se a ordem direta entre "o aluno" e "nada respondeu".

2. O professor repetiu a explicação, todavia os alunos continuaram com dúvidas.

Não há vírgula depois de "todavia", porque o sujeito "os alunos" inicia a ordem sintática direta, a saber: sujeito + verbo + complemento.

3. O professor repetiu a explicação; todavia, os alunos continuaram com dúvidas.

Essa construção, raríssima entre alunos, pode ser usada.

Nas redações dos alunos, usa-se muito o "mas", que é uma forma fixa na frase-oracional. Usar o "todavia", por exemplo, permite que esse conectivo fique em várias posições na estrutura sintática.